Der Südsudan verfügt über einige interessante Nationalparks:
Der Nimule-Nationalpark umfasst 410 Quadratkilometer und liegt an der Grenze zu Uganda. Benannt ist er nach der Stadt Nimule, die er umschließt. Für eine Strecke von 48 Kilometern fließt der Weiße Nil durch den Park. Von Uganda kommend durchquert der Fluss Kayu den Nationalpark, um schließlich im Weißen Nil zu münden. Die Landschaft besteht mehrheitlich aus Savanne, hügelig und mit vielen Bäumen bestanden erstreckt sie sich durch den Park.
Im Nimule-Nationalpark leben Büffel, Flusspferde, Krokodile und Antilopen. Einstmals hier lebende Elefanten wurden während des wertvollen Elfenbeins während des Bürgerkriegs im Sudan gejagt. Allerdings sind wohl mehr als 300 Elefanten von Uganda aus in den Nationalpark eingewandert. Besonderheit dieses Nationalparks: die schönen Arten an Schmetterlingen.
Ein weiterer Nationalpark ist der Boma-Nationalpark im Bundesstaat Dschunqali, er 1979 eingerichtet und 1981 auf eine Fläche von 22.800 Quadratkilometern erweitert wurde. Der Park liegt südöstlich der Stadt Pibor Post. Nicht so untypisch für die Region, wie man meinen würde, wird das Gebiet von vielen Flüssen durchzogen. So leben hier auch viele verschiedene Tierarten: Antilopen, Gazellen, Elefanten, Büffel und Leoparden, aber auch Geparde, Giraffen oder Zebras. Zur Zeit ist aber unklar, wie die Zukunft des Parks aussehen wird. Eine bessere Situation ist zwar durchaus denkbar, nicht allerdings gesichert, denn immer noch nutzen viele Menschen die Ressourcen des Parks für ihre eigenen Zwecke, seien es das Fleisch der Tiere oder das Holz der Wälder.
Der südliche Nationalpark des Südsudans liegt selbstredend im Süden des Landes und wurde 1939 eingerichtet. Er umfasst 23.000 Quadratkilometer. Man erreicht ihn am besten von Juba aus. Allerdings sind die Straßen von Juba zum Südlichen Nationalpark nicht asphaltiert, bei schlechter Witterung ist also die Nutzung eines Geländewagens ratsam.
Weitere nennenswerte Nationalparks im Südsudan sind der Badinglo-Nationalpark, der Boma-Nationalpark, der Lantoto-Nationalparkund der Shambe-Nationalpark sowie der Suakin-Archipel-Nationalpark.
Weitere Nationalparks gibt es auch im Staat Sudan, von welchem der Südsudan seit dem 9.7.2011 unabhängig ist.